Предполагалось, что под влиянием неизвестных природных явлений на самолетах вышли из строя компасы, летчики потеряли ориентацию в пространстве, и, когда закончилось горючее, торпедоносцы рухнули в океан.
Согласно другой версии, в этом районе происходят гигантские выбросы газа метана со дна океана. При этом образуются пузыри диаметром несколько сот метров. Оказавшись в зоне такого пузыря, любое судно мгновенно тонет. Поднявшись на поверхность, метан некоторое время не смешивается с атмосферным воздухом. Любой низко летящий самолет, попав в среду метана, имеющую меньшую плотность, чем воздух, теряет подъемную силу, а с ней и высоту.
Сторонники идеи о загадочных свойствах Бермудского треугольника пытаются связать таинственные исчезновения с Атлантидой и атлантами, которые якобы обладали знаниями и технологиями, не известными в 21 столетии. Выдвигаются предположения о существовании в этом регионе «дыр во времени», «пространственных разломов» и прочих паранормальных явлений.
Самой фантастической выглядит гипотеза Ч. Берлица, посвятившего много лет изучению проблемы гибели Атлантиды. Он утверждает, что в одном из храмов атлантов находился гигантский кристалл, обладавший особыми физическими свойствами. Теперь, оказавшись на морском дне, именно он нарушает радиосвязь и искажает показания навигационных приборов.