В озере обитают десятки видов рыб, причем большинство из них нигде больше не встречаются. Распространены многочисленные животные, некоторые из которых имеют сходство с морскими видами. Юго-восточнее, в другом разломе, расположено очень похожее озеро - Ньяса. Его так же окружают горы, которые местами подходят к самой воде. По площади и глубине Ньяса несколько уступает Танганьике, но озеро также богато рыбой, в нем водятся крокодилы и бегемоты.
На дне Великой рифтовой долины было сделано еще более потрясающее открытие - обнаружена стоянка палеолитического человека (каменный век). Это удалось сделать известному ученому Л. Лики (1903-1972), много лет работавшему в Восточной Африке. Всему миру известны его раскопки в ущелье Олдуваи. Здесь были обнаружены останки древнейших людей и орудий из камней и заостренных костей, созданных около двух миллионов лет назад.
Ученые предполагают, что именно в районе рифтовой долины происходило становление предков человека. В те далекие времена этот район характеризовался частыми землетрясениями, мощными излияниями лавы, а также повышенным уровнем радиации. Это могло ускорить мутационный процесс и способствовать появлению далекого предка человека - австралопитека.